在上一部电影里，伯恩就曾经对康克林说过，他要隐退，如果CIA不放弃追踪他的话，他就一定不会让对方好过。现在，伯恩不仅受到了袭击，还丧失了一生的挚爱——玛丽，他当然要找那些人讨个说法，当然，是用自己的方式。
玛丽的死，从另一个角度看，解放了伯恩，也激活了伯恩，让伯恩在这个世界上不再有牵挂，也给了伯恩一个清晰的目标——复仇。伯恩就这样，像一条孤狼那样踏上了复仇的旅程。
另一条线，帕梅拉•兰蒂从CIA局长那里要到了权限，查阅了“绊脚石”计划的档案，也顺着指纹的线索查到了伯恩那里。显然，她把伯恩视为了自己的对手，她要追捕伯恩，从他手中拿到原本要交易的情报。为此，她还与“绊脚石”计划的原负责人——埃德•艾伯特产生了不小的矛盾。
朱丽安•摩尔和杰夫•布里奇斯的表演，当然能够撑得起场面来，两人的对话也充满了戏剧的张力，不会让人觉得沉闷无聊。
现在电影克里尔的那条线暂时隐去，主要就是帕梅拉•兰蒂和埃德•艾伯特两人要抓捕伯恩的这条线，和伯恩打算向现在主管“绊脚石”计划（他还不知道计划已经终止）的人复仇两条线交替进行。
伯恩采取打草惊蛇的策略，用杰森•伯恩这个护照，进入意大利的那不勒斯，因为这个名字已经被列入了黑名单，所以他很快就被美国领事馆的武官内文斯盘问。领事馆得到了消息，CIA特工也得到了伯恩进入那不勒斯的消息，他们立刻给内文斯打电话确认。
面对内文斯的盘问，伯恩原本一言不发，直到CIA电话确认之后，他立刻暴起发难，几个干净利落的动作，就将内文斯和房间内的敬畏击晕。他用极快的速度，复制了内文斯的SIM卡，以便可以窃听他的电话，并且拿走了他的车钥匙。
接到手下的汇报，帕梅拉立刻和内文斯通了电话，内文斯在听到手机铃声之后，本就没有被伯恩施重手的他很快醒了过来。通过窃听他的电话，伯恩也得到了许多重要信息，首先他知道了负责追捕自己的女人名叫帕梅拉•兰蒂，并且得到了她的电话号码；其次，他知道了自己貌似卷入了柏林杀人事件；最后，他知道帕梅拉•兰蒂不久之后要去柏林。
“真是聪明！”动作片迷阿贝德为伯恩的手段击节赞叹，“我就喜欢伯恩这种可操作性、可复制性极高的手段，他不是无脑的肌肉莽汉，而是一直头脑冷静的特工。”
“哇，伯恩真的是太酷了。”宝拉也早就擦干了泪水，变得重新兴奋了起来，她就喜欢看到伯恩做这些酷酷的事情，最好狠狠教训那些坏蛋一顿，呃，帕梅拉有些无辜，但艾伯特是个混蛋，玛丽的死实在让她太郁闷了。
在从意大利赶往德国的路上，那些无数个夜晚折磨过他的梦魇，再次在伯恩的大脑中出现，只是画面更加清晰了些。“士兵，这次不是训练。士兵，这次不是训练……”康克林的声音不断在他的脑海中回想，还有女人的尖叫声，含混不清的耳语声……
这一切，都在告诉着观众，这部电影依然会像是第一部那样，有着等待观众去解的谜团，有着困扰着伯恩的心理困境。电影的内核，绝不单单是复仇这么简单。像西娅这样敏锐的观众，已经有了一定的猜测，当年的那桩任务，也一定和玛丽的死有关，一定和柏林与莫斯科有关，也与帕梅拉•兰蒂主持的情报交易有关。只有这样，才能将三条故事线合并在一起。
《谍影重重2》的剧情有序地推进：在阿姆斯特丹的妮琪也被帕梅拉找到了，她向帕梅拉介绍了杰森•伯恩的情况，她和丹尼•佐恩一起，被叫到了柏林，为抓捕伯恩提供帮助。
到了柏林之后，帕梅拉等人调阅了伯恩在那不勒斯的录像，发现了伯恩使用自己的护照，并且没有躲避摄像头的拍摄，其他人都在说伯恩是在犯错误，妮琪却坚定地告诉他们：“这不是错误，他们从不犯错，他们不会随意行事，尤其是伯恩，总有一个目标。这是他的打草惊蛇之计。”
肯尼斯•图兰满意地点了点头，这小段的台词可是有着几重作用，第一重作用就是给帕梅拉等人再次介绍伯恩的能力，引起她的重视；第二重作用就是讨好观众，说他们心中的英雄好话，总是不错的；第三重作用就是指点那些不那么敏锐的观众，揭示之前伯恩行为的目的；还有一重作用就是展示出妮琪对于伯恩的欣赏与了解。
一个好的剧本，就是要做到剧情前后呼应、环环相扣，每个部分都有着明确的作用，并且有着多重作用，这既能让那些不敏锐的观众容易理解剧情，也会让对剧情走向敏锐的观众产生会心一笑的感觉，有一种解谜正确的快感。
情节又转回伯恩的故事线，他来到了德国的慕尼黑，开始接触一位“绊脚石”计划的前杀手，正是为观众服务的剧中小高•潮。
连姆•尼森饰演的前杀手，就像妮琪说的，从不犯错，在进门之前，他就发现不对，但却装作一副若无其事的样子。他装作从冰箱里拿东西，却从里边拿出了一把手枪，猛然转身，和伯恩互相用枪指着对方。
“子弹被我拿掉了。”伯恩面无表情地说道，又印证了他们永不犯错的话。“怪不得我觉得轻了。”连姆•尼森微笑着放下了枪。
“这种斗智斗勇真的让我着迷！”阿贝德的眼睛又瞪大了，《谍影重重》系列，最精彩的就是杰森和杀手们对敌时表现。宝拉和西娅也都兴奋了起来，杰森的对手们总是非常有魅力，但杰森总能让观众认识到，他才是最强大的那个。
他们目不转睛地盯着大银幕：从两人的对话里，伯恩得知了康克林的死讯，得知了两人是剩下的最后两位杀手，而对方不知道为何CIA还要追捕伯恩，也不知道帕梅拉•兰蒂是谁，更不知道柏林发生了什么事情。
即使是身处劣势，“绊脚石”杀手也没有放弃反击，他不仅在事前就通知了CIA，而且还利用电话铃响，伯恩分心的时候袭击了他。电话铃一直响着，两人就用那种直接高效的方式做着生死搏斗，随着快速切换的镜头而显得酷劲十足，马特•达蒙用卷起的杂志，和连姆•尼森的刀具搏斗，更是充满了创意。
最后，杰森•伯恩在干掉了杀手之后，更是打开了瓦斯，将杂志插进了通电了的烤面包机里，制造了一场大爆炸，顺利地解决了CIA派出的援兵。
“酷，真是太酷了！这就是我为什么喜欢杰森•伯恩的原因！这就是我为什么喜欢《谍影重重》系列的原因！不仅是因为这部电影里的打斗漂亮，不仅是因为电影显得很真实，而是它总能把日常的物品变成致命的武器，上演一场大脑风暴！”阿贝德已经陷入了狂热的状态了，“连姆•尼森太酷了！马特•达蒙太酷了！马克•库恩太酷了！”
不仅是动作片迷阿贝德，像宝拉这样的伯恩粉们，普通影迷们，也都看得心跳加速，大呼过瘾。杰森•伯恩的故事线与CIA的故事线开始交汇，两者的暗斗正式开始，而这更像是一场伯恩的个人秀，不是CIA的特工不强，只是他们遇到了神一样的对手。
毫无后援，孤身一人来到柏林，伯恩先用电话黄页查到了帕梅拉居住的酒店，又用电话占线的方式查到了她的房间号，通过观察找出了她这个人，又通过跟踪，发现了追捕小组所在的位置。而帕梅拉那个追捕小组，几乎有着无限的资源，但追捕伯恩的工作却是毫无进展。
当帕梅拉向手下布置抓捕任务时，伯恩已经来到了她对面的大楼上，架好了狙击枪，用给她打电话的方式，再次确认了她的身份。还是那句话，不是帕梅拉不强，只是她遇到了神一样的对手。
两人虽然没有直接交手，但是在无声的交锋中，她已经被伯恩打得落花流水，观众们再一次懂得了“伯恩的霸权”的含义，当伯恩火力全开时，没有一个人是他的对手，无论这个人是“绊脚石”计划的前杀手，还是CIA的女强人主管。这怎能不让观众们在心中爽得飞起？
幸运的是，在通话过程中，伯恩确认“绊脚石”计划已经停止，再次意识到了整个事件的蹊跷，同时发现了老熟人妮琪也在这里，他通过帕梅拉的电话，约妮琪在世界钟下边见面。伯恩想要通过这次见面发现事件的真相，帕梅拉也想要通过这次见面抓捕伯恩。